Perusahaan Negara di bidang perikanan berdiri sejak tahun 1934 dengan terbentuknya Institut Voor de Zeevisscherij akta notaris No.15/Mr.A.H Ophiysen dibawah Departemen van Ekonomische Zaken. Dalam perkembangannya perusahaan ini menjadi Kaiyoo Gyogyo Kenkyuzo. Sesuai PP No. 44/1961, didirikan Badan Pimpinan Umum Perusahan Perikanan Negara (BPU Perikani) yang kemudian terdiri dari PT Tirta Raya Mina (Persero), PT Perikanan Samodra Besar (Persero), PT Perikani (Persero) dan PT Usaha Mina (Persero). Untuk menjalankan misi BUMN sebagai agen pembangunan dan untuk mewujudkan kedaulatan pangan di bidang perikanan, maka sesuai PP No. 21/1998 keempat BUMN tersebut digabung menjadi satu dengan nama PT Perikanan Nusantara (Persero).

Penggabungan tersebut dilakukan melalui Rapat Umum Pemegang Saham Luar Biasa (RUPS-LB) pada tanggal 27 Oktober 2005 dan dinyatakan dalam Akta Notaris Nomor 8 dan Nomor 9 tanggal 8 Mei 2006 yang dibuat dihadapan Notaris Muhammad Hanafi, SH di Jakarta. Perusahaan telah terdaftar secara resmi sejak keluarnya Keputusan Menteri Hukum dan HAM Nomor C-16842.HT.01.04. Tahun 2006 tanggal 9 Juni 2006.